Due fratelli, John e Alexis, fondarono il monastero Pantocratore nel nome di Cristo Pantocratore nel 1363, come indicato nell'iscrizione sulle scale del campanile. Il monastero è costruito su una collina rocciosa, a breve distanza dal mare, vicino al Monastero Stavronikita.
Tra la fine del XIV secolo e l'inizio del XV secolo, diversi monasteri furono uniti al monastero di Pantocrator. Uno di questi era il monastero di Ravdouxos, che al giorno d'oggi è una cella del monastero di Koutloumousiou. Nel tempio della cella ci sono affreschi del XII secolo e dipinti del X. Il monastero ospitava una biblioteca e una ricca collezione di immagini sacre. Questa collezione è una delle più importanti che si possano vedere sul monte Athos (immagini sacre di "Christos Pantokratoras" (XIV) e "Graptos Stayros" (XIV).
Il monastero è celebrato alla Trasfigurazione.